Создана в 1852—1853 гг. по инициативе А. И. Бутакова для содействия войскам в колониальных экспедициях, торговых и воинских перевозок, защиты прибрежных районов реки Сырдарьи. Первыми судами флотилии стали пароход «Перовский» (140 тонн, 40 л.с.) и железный паровой барказ «Обручев» (16 тонн, 12 л.с.) (командирами пароходов были соответствено назначены капитан-лейтенант А. И. Бутаков и лейтенант Х. П. Эрдели. Пароходы были заказаны в Швеции в 1850 году, в 1851 году получены в Петербурге, в разобранном виде перевезены в Раимское укрепление (1852 г.) и там весной 1853 года собраны и спущены на воду. Пароходы были с выдвижными килями для плавания как по морю, так и по рекам; топились саксаулом. В 1853 г. А.И. Бутаков совершил первое плавание на «Перовском» для поддержки войск при взятии кокандской крепости Ак-Мечеть. Командир «Обручева» Христофор Петрович Эрдели при штурме Ак-Мечети командовал флотским десантом, за отличие награжден орденом Св. Георгия 4-й ст. В 1855 г. на Аральское море доставлены еще 7 железных гребных судов, в Раиме оборудован порт с мастерскими и эллингом для ремонта плав.средств (позже порт переведен в Казалинск).